Program Studi Magister Matematika didirikan pada tahun 1992 dengan SK Nomor 128/DIKTI/Kep./1992 tanggal 11 April 1992 dengan tujuan ikut membantu pemerintah dalam mengembangkan pendidikan dan penelitian di bidang matematika, baik teori maupun aplikasinya. Program Studi Magister Matematika menawarkan program pada peserta didik untuk memperkaya mahasiswa dengan tingkat kemampuan matematika lanjut yang baik, untuk mempersiapkan lulusan memasuki dunia kerja maupun untuk studi lanjut. Pelaksanaan program pendidikan dan penelitian pada Program Studi Magister Matematika Universitas Gadjah Mada didukung oleh 6 (enam) Laboratorium Keilmuan, yaitu